Пеня при переплате по налогам

Организация производит предоплату по каждому налогу для недопущения пени, которая может возникнуть в будущем при сдаче уточненной налоговой отчетности. Но налоговая сообщает, что наличие таких платежей по видам налогов при сдаче уточненной отчетности не имеет значения. И независимо от предоплаты по доначислениям начисляется пеня по статье 83 НК. Правильно ли разъяснение сотрудников налогового органа? Разве пеня не начисляется в отношении неуплаченной суммы в соответствии со статьей 110 НК?